公司设综合办公室、党群和人力资源部、财务资产部、工程管理部，公司下辖2家分公司（泰安分公司、潍坊分公司），3家权属企业（山东鲁潍地质勘查有限公司、山东兴岳建设工程有限公司、山东惠和工贸有限公司）和8个经营实体（生态环境保护产业研究院、资源勘查产业研究院、地下空间产业研究院、综合勘查技术研究院、矿权运作中心、贵州办事处、新疆办事处、内蒙古办事处）。